无论是外显子产生的终止密码子突变还是mRNA异常剪接后产生的终止密码子突变,都有可能会被RNA监测机制识别并降解,mRNA 降解途径是在细胞中调节基因表达的一个重要步骤,翻译 mRNA 监视主要有三种形式: nonsense-mediated decay (NMD), no-go decay (NGD) 和 nonstop decay (NSD),只要是提前产生了PTC都有必要考虑NMD降解。
验证NMD降解途径目前主要有敲低/敲除UPF1后的回复实验,CHX放线菌酮实验,添加NMD抑制剂实验,海创科业开发了一种极其简单的工具方法适用于绝大多数剪接突变,终止突变和移码终止突变,通过RNA剪接的EJC标记,屏蔽NMD识别标记物,只需要通过2套质粒即可验证RNA的剪接,蛋白的翻译问题,将从mRNA水平和蛋白水平两方面来论证,我们可以共同讨论选择实验方案来完成您的研究。
服务流程
价格及周期
服务类型
价格/元
周期
备注
NMD降解验证
评估报价
评估
客户提供
基因突变位点信息,定位转录本号,样本合子类型
携带突变的DNA或者血样,DNA要求浓度大于30ng/ul,体积大于20ul,血样要求大于0.5ml(可选,提供与否都可以开展实验,价格不变)
交付标准
构建好的minigene质粒(Wild type / Mutant type)
相关测序结果
Western blot相关数据
qRT-PCR相关数据
实验报告(包括实验方法,原始图具,分析结果等)
技术原理(示例)
实验例
样品名
质粒描述
使用细胞
是否可以被NMD识别
Wild type1
野生型对照质粒
293T
是
Mutant type1
剪接突变质粒
293T
是
Wild type2
野生型对照质粒
293T
否
Mutant type2
剪接突变质粒
293T
否
A:RT-PCR剪接电泳图,突变造成了外显子的片段缺失;
B:剪接示意图;
C:EGFP荧光图片,突变导致蛋白翻译的降低;
D:Western blot验证蛋白表达;
E:mRNA相对表达量;
F:蛋白相对表达量