在南水北调中线工程正式通水近一个月后，备受沿线市民关注的水价终于揭开面纱。
1月7日，南水北调中线干线工程建设管理局官网公布了国家发改委下发的《关于南水北调中线一期主体工程运行初期供水价格政策的通知》（下称《通知》）。明确南水北调中线工程运行初期分六区段实行成本水价，并按规定计征营业税及其附加。其中河南、河北两省暂运行还贷水价，以后分步到位。
中部工程实施两部制水价，即基本水价和计量水价。其中，基本水价按照合理偿还贷款本息、适当补偿工程基本运行维护费用原则制定，计量水价按补偿基本水价以外的其他成本费用以及计入规定税金的原则制定。
各省的基本水费按基本水价乘以分配的净水量计算，计量水费按计量水价乘以实际用水量计算。根据澎湃报道，以河南省为例，每年分到37.7亿立方米水量，但如果每年实际用量为30亿立方米，基本水费仍以37.7亿立方米乘以基本水价得出，计量水费则以30亿立方米乘以计量水价得出。这意味着，用水量越大，单位水价就越低。
中线工程初期水价是根据调水成本测算得到的“成本水价”，调水距离越远，价格越高。因此，从水源地丹江口出发，一路往北，水价呈直线上升态势。
南水北调中线水源工程综合水价为每立方米0.13元（含税，下同），六区段分别为干线工程河南省南阳段、河南省黄河南段（除南阳外）、河南省黄河北段、河北省、天津市、北京市，对应各口门综合水价分别为每立方米0.18元、0.34元、0.58元、0.97元、2.16元、2.33元。
不过，中线工程初期水价与居民用水价格没有必然联系，是中线工程运行机构与受水区签订合同时的用水价格。据澎湃新闻报道，居民用水价格由当地物价部门确定，定价时要考虑供水配套工程的投资、“南水”与原水源的配比、自来水厂的净化费用以及财政补贴等情况，可能高于中线工程初期水价，也可能低于这一价格。
国家发改委要求，中线工程通水三年后，将根据工程实际运行情况对供水价格进行评估、校核。事实上，中线工程的实际运行成本远高于初期水价，因此，后续水价进行调整已成为预期。
南水北调工程为缓解中国华北和西北地区水资源短缺的国家战略性工程，意欲通过跨流域的水资源合理配置，促进南北方经济、资源、环境的协调发展。南水北调工程分东线、中线、西线三条调水线。东线工程位于东部，送水至苏、皖、鲁、冀、津五省市，一期工程已通水；中线工程从丹江口水库引水供给黄淮海平原的20多座大中城市；西线工程位于青藏高原，由长江上游向黄河上游补水，尚未开工建设。
近几十年，中国海河、黄河、辽河流域沿途各省份调水已是常态，工程开建后，水源地生态环境遭到不同程度的破坏，调水工程因此遭到环保人士的反对。2014年2月，财新网一篇报道称，时任住建部副部长的仇保兴在《给水排水》杂志刊出署名文章，指出用外调水模式解决城市缺水，“已引发诸多问题，在一定程度上已经陷入困境”。